오키나와의 패총 시대 후기는 일본 열도의 야요이 시대부터 헤이안 시기에 해당하는 약 기원전 5000년부터 12세기까지 이어졌다. 이 시기 주민들은 수렵과 채집, 어업을 생활 기반으로 삼았으며, 일본 본토와는 차별화된 독자적인 문화를 발전시켰다.

패총 시대 후반, 류큐 석회암 지대에 거주하던 주민들은 해안 사구로 생활 터전을 옮겼다. 일본 본토에서는 벼농사가 보급됐지만, 오키나와에서는 12세기에 이르러서야 본격적인 농경 사회가 형성됐다. 다만 기원전 8세기 무렵부터 농경 흔적이 나타나며, 약 2700년 전의 밭 유적 발굴로 농경 시작 시점이 재검토되기도 했다.

당시 오키나와는 해외 교역이 빈번했다. 철기와 청동기 유물이 다수 출토되었고, 큐슈와의 교역으로 야요이 토기도 유입됐다. 특히 오키나와와 아마미 제도에서 채취한 고호우라 조개와 이모 조개는 ‘조개 길(貝の道)’을 통해 일본 각지로 퍼졌다. 이는 류큐 제도가 쿠로시오 해류를 따라 일본 본토와 연결된 교역망의 중요한 거점이었음을 보여준다.

류큐 열도는 지역에 따라 상이한 문화를 보였다. 아마미와 오키나와 제도로 이뤄진 중부 문화권은 큐슈의 조몬 문화 영향을 받아 발전했고, 미야코와 야에야마 제도로 대표되는 남부 문화권은 대만과 필리핀 등 남방 문화와 유사한 양상을 보였다. 특히 이 지역에서는 토기 제작이 단절되는 독특한 현상이 나타났다.

12세기에 접어들며 농경이 정착하자 각지에서 ‘아지(按司)’라고 하는 실력자들이 등장했다. 이들은 ‘구스크(城)’라 불리는 성을 쌓아 거주, 정치, 종교의 중심지로 삼았다. 이후 아지 세력은 무역을 통해 세력을 키웠고, 14세기 초에는 강력한 지도자 ‘세노누시(世の主)’가 등장해 오키나와 본섬에 북산·중산·남산 세 왕국을 세웠다. 이는 산잔 시대(三山時代)로 불리며, 15세기 초 쇼하시(尚巴志)에 의해 통일되어 류큐 왕국의 기틀이 마련됐다.

중국 문헌에는 607년에 ‘유구국(流求國)’이라는 명칭이 최초로 등장했으나, 당시 지칭 범위가 현재의 오키나와였는지는 불분명하다. ‘류큐(琉球)’라는 이름은 14세기 후반 명나라 시기부터 본격적으로 사용됐다.

일본 사료에는 8세기 승려 감진(鑑真)이 ‘아고나하(阿児奈波)’라는 섬에 도착했다는 기록이 남아 있으며, 이는 오키나와 본섬으로 추정된다. 또한 『평가 이야기(平家物語)』에는 ‘오키나하(おきなは)’라는 지명이 나타난다.

불교는 13세기 영조(英祖) 시대에 나하에 표착한 임제종 승려 선감(禅鑑)에 의해 류큐에 전해졌다. 이는 류큐가 일본과 중국의 문화를 적극적으로 수용하는 전환점이 됐다.

오키나와 패총 시대 후기는 수렵·채집에서 농경 사회로의 이행, 해외 교역의 활성화, 지역별 문화적 차별성, 구스크와 산잔 시대의 성립, 불교의 전래 등 독자적 역사 전개를 보여준다. 이러한 과정은 이후 류큐 왕국의 성립과 오키나와의 정체성 형성에 중요한 토대를 마련했다.

오키나와는 농업보다는 교역과 문화 교류를 통해 발전한 독자적 역사 흐름을 가졌다. 패총 시대 후기는 류큐 왕국으로 이어지는 길목으로, 오늘날에도 동아시아 해양 문화의 교차로로서 그 의미가 재조명되고 있다.