최근 유전학과 고인골 DNA 분석 기술의 발전으로 류큐 열도 주민의 기원에 대한 연구가 크게 진전되었다. 과거에는 류큐인이 대만이나 동남아시아 계통에서 기원했다는 가설이 존재했으나, 현대 연구는 류큐인이 일본 열도의 선주민인 조몬인(縄文人)과 깊은 유전적 연속성을 공유한다는 사실을 보여준다.

류큐 열도에서는 약 1만 8,000년 전의 구석기 시대 인골인 미나토가와인(港川人)이 발견되었다. 이 인골은 류큐 지역에서 발견된 가장 오래된 인류 유적 가운데 하나로 알려져 있다.

초기 연구에서는 이 인골이 중국 남부 계통과 연관될 가능성이 제기되었다. 그러나 최근 연구에서는 오히려 호주 원주민 집단과 유전적 유사성이 관찰되었다는 분석이 제시되었다.다만 미나토가와인이 현대 오키나와 주민과 직접적인 유전적 연속성을 가지는지는 아직 명확히 확인되지 않은 상태로 남아 있다.

약 7,000년 전부터 시작되는 류큐 패총(貝塚) 시대에는 새로운 인구 이동이 확인된다. 규슈 지역에서 조몬인들이 섬을 따라 남하하여 류큐 열도에 정착하기 시작한 것이다.

이 시기 일본 본토의 조몬 문화가 류큐 지역으로 확산되었다. 동시에 류큐 열도에서는 독자적인 문화가 발전하였다. 이러한 조몬인의 이동은 현대 류큐인의 유전적 기반을 형성하는 중요한 단계로 평가된다.

현대 유전학 연구는 류큐인과 일본 본토인의 유전적 관계를 보다 명확하게 보여준다. 2014년 류큐대학 의학연구소 연구에서는 류큐 열도 주민이 대만이나 중국 본토 집단과 직접적인 유전자 연결이 없으며 일본 본토인과 동일한 부계 혈통을 공유한다는 결과가 보고되었다.

2018년 핵 DNA 분석에서는 류큐인이 홋카이도의 아이누 집단과 가장 가까운 유전적 관계를 가진다는 결과가 발표되었다. 이는 일본 열도의 북쪽과 남쪽 주변 지역에서 조몬인의 유전적 특징이 강하게 유지되었음을 보여주는 연구로 해석된다.

2021년 국제 학술지 『네이처(Nature)』에는 중요한 연구 결과가 발표되었다. 국제 연구팀은 미야코지마시 나가바카 유적에서 출토된 선사 시대 인골의 DNA를 분석하였다. 그 결과 이 인골이 조몬인 계통이라는 사실이 확인되었다.

이 발견은 사키시마 제도 주민의 기원에 대한 기존 가설을 재검토하게 만들었다. 이전에는 이 지역이 남방 문화권과 연결되었을 가능성이 제기되었으나, 연구 결과는 북쪽에서 남하한 조몬인 계통임을 보여주었다.

중세 구스쿠 시대에는 새로운 인구 이동이 이루어졌다. 10세기에서 12세기 사이 규슈 지역 농경민이 류큐 열도로 이주하여 정착한 것으로 추정된다. 이 이주민들은 농경 기술과 새로운 문화 요소를 가져왔다.

상인과 장인의 이동도 이어졌다. 이러한 인구 이동은 기존 패총 시대 주민과 융합되며 현대 류큐인 형성 과정에 영향을 주었다.

유전학 연구는 언어학 연구와도 연결된다. 류큐어는 일본어와 동일한 조어에서 분화된 자매 언어로 분석된다.

이러한 언어 구조는 류큐 언어에 일본 고대어의 특징이 남아 있음을 보여준다.

최근 DNA 연구와 고고학 자료는 류큐 열도 주민의 기원이 일본 열도의 조몬인 계통과 깊이 연결되어 있음을 보여준다. 선사 시대 인구 이동과 중세 구스쿠 시대 이주가 결합되면서 현대 류큐인의 집단이 형성되었다.

이러한 연구는 류큐 인류사를 이해하는 데 중요한 과학적 근거를 제공한다.